Las siguientes son las colecciones que conforman el acervo bibliográfico con que cuenta la Biblioteca José María Cagigal, integradas por libros, tesis, trabajos de grado, publicaciones periódicas, revistas, material audiovisual, y que pueden ser consultadas a través del catálogo en línea KOHA.

Colección General: conformada por el acervo bibliográfico de las diferentes áreas del conocimiento, disponible para préstamo tanto interno como externo. Su contenido corresponde a ciencias de la salud, ciencias básicas, ciencias aplicadas, ciencias sociales, psicología, arte, literatura, entre otras. Los libros de esta colección se encuentran en el primer piso de la Biblioteca. El préstamo de este material es hasta de tres libros y se realiza por cinco días con la opción de 2 renovaciones presenciales y/o vía web.

Colección de Referencia: integrada por el material bibliográfico que tiene uso de forma referencial e introductoria a las diversas temáticas. La conforman diccionarios, enciclopedias, atlas, manuales, anuarios, índices, glosarios, catálogos, etc. Esta colección se encuentra en el primer piso de la Biblioteca. Su préstamo es solo de consulta interna.

Colección de Reserva: conformada por los libros de texto, fundamentales en el desarrollo de los cursos de los diferentes programas académicos de la Institución. Esta colección es de alta circulación, su préstamo es por un día y renovable hasta por dos veces de forma presencial, dependiendo de su demanda.

Colección de Hemeroteca: comprende las publicaciones seriadas impresas con que cuenta la Biblioteca y que se reciben con una periodicidad específica; se encuentran en esta colección las revistas, balances, boletines, periódicos y está ubicada en el segundo piso de la Biblioteca. La consulta de este material es interna y externa para fines investigativos por tres días, renovable hasta dos veces de forma presencial.

Colección de Audiovisuales: conformada por el material bibliográfico en formato  VHS, CD, DVD, CD-ROM. Se encuentra en el segundo piso de la Biblioteca y su consulta es de carácter interno.

Colección de Tesis: Integran esta colección los trabajos de grado de los estudiantes de pregrado y postgrado de la Institución Universitaria Escuela Nacional del Deporte. Se encuentra en el segundo piso de la Biblioteca y su préstamo es de carácter interno tanto en formato impreso como electrónico.

Colección Proyectos de Innovación Tecnológica: esta colección la integran los trabajos finales de los estudiantes de Tecnología en Deporte como requisito para optar al título que otorga este programa.

Colecciones Especiales: Constituidas por un acervo de alto valor institucional y bibliográfico. Pertenecen a esta categoría libros especiales, raros, antiguos o de difícil consecución en el mercado y el Fondo de la Institución Universitaria Escuela Nacional del Deporte (FONDO END), conformada por libros y revistas impresas que son producto del trabajo intelectual de los miembros de la comunidad universitaria y que se encuentran protegidos institucionalmente. Se encuentra en el primer piso de la Biblioteca. El préstamo de los libros de Colecciones Especiales es interno, con restricción en la fotocopia. Los títulos editados por la Institución que se encuentran disponibles también en la Colección General tienen préstamo externo.